L'organisation judiciaire reposait sur deux fondements distincts: la juridiction musulmane - pratiquant la charia (loi islamique) - et les tribunaux civils français; ces derniers étaient principalement situés dans les grandes villes où les Européens étaient concentrés. Les tribunaux de la Charīʿah ont été le premier - et trop souvent le dernier - recours pour les musulmans qui demandaient réparation judiciaire.
Les gouvernements post-indépendance n'ont pas tardé à prendre des mesures pour éliminer l'héritage judiciaire colonial français. En 1965, l'ensemble du système a été réformé par un décret instituant une nouvelle organisation judiciaire. Ce décret a été suivi un an plus tard par la promulgation de nouveaux codes juridiques - le code pénal, le code de procédure pénale et le code de procédure civile. Une cour provinciale dans chaque province et près de 200 tribunaux largement répartis ont finalement été créés.
Le pouvoir judiciaire comprend désormais trois niveaux. Au premier niveau se trouve le tribunal, devant lequel sont soumis les litiges civils et commerciaux et qui statue dans les affaires pénales de première instance. Au deuxième niveau se trouve la cour provinciale, qui se compose d'un panel de trois juges qui entend toutes les affaires et qui fonctionne comme une cour d'appel pour les tribunaux et les juridictions administratives de première instance. Au troisième et au plus haut niveau se trouve la Cour suprême, qui est la dernière cour d'appel et d'appel des décisions des juridictions inférieures. En 1975, la Cour de sûreté de l'État, composée de magistrats et d'officiers supérieurs de l'armée, a été créée pour traiter les affaires concernant la sécurité de l'État. La constitution de 1996 a institué deux nouvelles hautes cours pour compléter la Cour suprême. Le Conseil d'État agit en tant qu'équivalent administratif de la Cour suprême, connaissant les affaires qui ne sont pas normalement examinées par cet organe; et le Tribunal des conflits a été institué pour régler tout différend juridictionnel pouvant survenir entre les deux autres hautes cours.
