Indemnisation des arrêts maladie discontinus : ce que les employeurs doivent adapter immédiatement

Une réforme de la CNAM aux effets immédiats sur la gestion des arrêts de travail

Depuis le 1er septembre 2024, la Caisse nationale d’assurance maladie (CNAM) a modifié en profondeur sa doctrine en matière d’indemnisation des arrêts de travail successifs. Désormais, les jours non couverts par une prescription médicale entre deux arrêts ne sont plus indemnisés, même en cas de prolongation. Cette nouvelle approche remet en cause les tolérances antérieures, notamment en cas de week-end ou de jours fériés intercalés.

Les employeurs doivent s’adapter rapidement à ce nouveau cadre, tant dans leur gestion des absences que dans leur traitement DSN, au risque d’erreurs déclaratives et de contentieux sociaux.

Ce qui change pour l’employeur depuis le 1er septembre 2024

Une suppression de la tolérance sur les jours non prescrits

Jusqu’alors, un arrêt de travail suivi d’une prolongation ne nécessitait pas nécessairement de continuité parfaite dans la prescription. Un salarié pouvait interrompre son arrêt un vendredi, être de nouveau arrêté le lundi suivant, et percevoir ses IJ pour le week-end non prescrit.

Ce n’est plus le cas : toute journée non couverte entre deux arrêts (week-end inclus) entraîne la perte des indemnités journalières, et dans certains cas, l’application d’un nouveau délai de carence.

Trois cas de figure à connaître pour adapter vos procédures

Cas n°1 : Interruption de 1 à 2 jours – prescription “initiale”

• Pas d’indemnisation pour les jours non couverts.

• Application d’un nouveau délai de carence de 3 jours (art. R. 323-1 du Code de la sécurité sociale).

• Nouvelle attestation de salaire à fournir.

Exemple : arrêt du lundi 30 juin au vendredi 4 juillet. Reprise d’un arrêt le lundi 7 juillet. Les 5 et 6 juillet (samedi et dimanche) ne sont pas indemnisés. Le nouvel arrêt, qualifié d’“initial”, implique un nouveau délai de carence et une attestation de salaire.

Cas n°2 : Interruption de 1 à 2 jours – prescription “prolongation”

• Pas d’indemnité journalière pour les jours intercalés non prescrits.

• Pas de nouveau délai de carence.

• Pas besoin de fournir une nouvelle attestation de salaire.

Cela reste une continuité médicale formelle, mais non indemnisée par la CPAM pour les jours “vides”.

Cas n°3 : Interruption de 3 jours ou plus (quelle que soit la prescription)

• Pas d’indemnité journalière pour les jours sans prescription.

• Nouveau délai de carence de 3 jours.

• Nouvelle attestation de salaire nécessaire.

L’administration considère alors qu’il s’agit d’un arrêt totalement distinct, que la case "prolongation" soit cochée ou non.

Réflexes à adopter côté RH et paie

1. Anticiper les risques de rupture d’indemnisation

Les services RH doivent sensibiliser les salariés à la nécessité de consulter leur médecin avant la fin de leur arrêt initial. Sans prescription continue, la rupture est systématique et non régularisable.

2. Adapter les processus DSN

Jusqu’à présent, une prolongation ne nécessitait pas de nouveau signalement DSN si elle suivait immédiatement un arrêt. Ce n’est plus le cas :

• En cas d’interruption ≤ 2 jours : un nouveau signalement est requis si la prescription est “initiale”.

• En cas d’interruption ≥ 3 jours : nouveau signalement impératif, même si le médecin coche “prolongation”.

Rubrique concernée : S21.G00.60.003 (Date de fin prévisionnelle de l’arrêt).

3. Contrôler les conditions du maintien de salaire employeur

Lorsque l’entreprise applique le maintien de salaire légal ou conventionnel, il est souvent indexé sur la perception effective des IJSS. Ainsi, un arrêt non indemnisé par la CPAM peut remettre en cause la subrogation et générer un écart dans le calcul de paie.

Recommandation : intégrer systématiquement une vérification CPAM pour les arrêts discontinus ou douteux, afin d’éviter un trop-perçu salarié ou une reconstitution de bulletin.

Risques en cas d’erreur ou d’oubli

• Pour le salarié : perte d’indemnité, rupture de droits, carence non anticipée.

• Pour l’employeur : erreur de déclaration DSN, litige sur subrogation, traitement rétroactif du bulletin de paie, voire contestation prud’homale.

Ce que l’entreprise doit mettre en place dès maintenant

• Mettre à jour les fiches procédures RH / arrêt maladie.

• Intégrer un point de vigilance DSN spécifique aux arrêts discontinus.

• Former les gestionnaires de paie à la nouvelle logique CNAM.

• Informer les salariés des conséquences d’un arrêt non prescrit en continu.

• Anticiper les contentieux en conservant la trace des prescriptions et des échanges.

Conclusion : une vigilance nouvelle à intégrer dans la chaîne RH

La réforme CNAM entrée en vigueur le 1er septembre 2024 impose aux employeurs une mise à jour rapide de leurs réflexes administratifs. Ce qui relevait hier d’une tolérance informelle fait désormais l’objet d’une application stricte.

Dans ce contexte, l’indemnisation des arrêts maladie discontinus devient un enjeu de conformité sociale. Les entreprises doivent non seulement sécuriser leur gestion paie et DSN, mais aussi jouer un rôle d’information proactive auprès de leurs collaborateurs.

Le conseil en droit social devient ainsi un maillon central pour accompagner cette transition, prévenir les erreurs de déclaration, et préserver à la fois les droits des salariés et la sécurité juridique de l’entreprise.